Οι τοίχοι του ναού χωρίστηκαν σε δύο χρωματιστές ζώνες με μία φάσα χοντροκόκκινου και δύο φιλέτα (μπλε και άσπρο) στην ακμή τους. Η κάτω ζώνη είναι μια πράσινη όμπρα και λειτουργεί ως ποδέα, ενώ η επάνω ζώνη είναι μια ιριδίζουσα όμπρα, που υποδηλώνει το φόντο των βυζαντινών εικόνων.

Ο χρωματισμός δημιουργήθηκε με την μοναδική τεχνική των φόντων του  Γιάννη Καρούσου που χαρακτηρίστηκε το σήμα κατατεθέν της δουλειάς του. 

 Η συνολική σύνθεση βασίστηκε στο έργο του Giotto, στη Βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου της Ασσίζης, το οποίο ήταν και το πρότυπο του Καρούσου για το έργο του στη Μονή του Μεγάλου Σπηλαίου των Καλαβρύτων . Συγκεκριμένα, το πρότυπο αναφέρεται στο Άνω Εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου , όπου ο Giotto αφηγείται τη ζωή του Αγίου Φραγκίσκου (1297-99).

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

Η δημιουργική χρήση της αρχιτεκτονικής, μαζί με την χρωματική δομή, ως μέσο επίτευξης χωρικής αναδιοργάνωσης, είναι τα βασικά στοιχεία του έργου τέχνης του Καρούσου. Η συγχώνευση των μορφών και του χώρου στην προσπάθειά του να δημιουργήσει μια ενιαία συνεκτική ενότητα 1,5 στρέμματος, ήταν ο απώτερος στόχος του για το έργο του στους Ιερούς Ναούς του Αγίου Παντελεήμονα στην Αθήνα και του Αγίου Ανδρέα στην Πάτρα. Ωστόσο, η χωρική διάταξη στον νάρθηκα του Μεγάλου Σπηλαίου, δεν περιλαμβάνει βυζαντινά αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά. Πρόκειται για έναν ενιαίο χώρο, που δημιουργήθηκε σε νεότερη φάση, την οποία ο καλλιτέχνης έπρεπε να συνθέσει, για να δημιουργήσει μια αισθητική και αφηγηματική ενότητα για τον επισκέπτη, προτού εισέλθει στο ναό.

Προκειμένου να διασφαλιστεί η ενότητα αυτή, ο Καρούσος βασίστηκε στη  σύνθεση της κάτω ζώνης της Άνω Εκκλησίας του Αγίου Φραγκίσκου της Ασίζης, όπου ο Giotto, ενέταξε είκοσι οκτώ σκηνές από τη ζωή του Αγίου. Κάθε σύνθεση έχει ένα ζωγραφιστό γείσο πάνω από το ζωγραφικό θέμα και κάθε σκηνή πλαισιώνεται από μια ζωγραφιστή κιονοστοιχία. Αυτή η  δομική απεικόνιση απέδωσε μια αρχιτεκτονική πληρότητα, καθώς η ζωγραφική συντέλεσε ως δομικό μέσο. 

Ομοίως συντίθεται ο χώρος του παρεκκλησίου του Αγίου Σπυρίδωνα, χρησιμοποιώντας τη δομή χρώματος στις διζωνικές περιοχές. Το χρώμα (όμπρα και ώχρα) των τοίχων είναι ενσωματωμένο στις ζωγραφικές επιφάνειες, δημιουργώντας μια ενότητα μεταξύ του αρχιτεκτονικού και ζωγραφικού χώρου. Οι υβριδικές νωπογραφίες είναι πλαισιωμένες με μία φάσα σε χρώμα όμπρας που δημιουργεί το αποτέλεσμα μίας ξύλινης κορνίζας, όπως έχει απεικονισθεί και στο έργο του Καρούσου στο Μέγα Σπήλαιο. Οι κίονες μεταξύ των ζωγραφισμένων επιφανειών δεν έχουν συμπεριληφθεί λόγω της μικρής κλίμακας του παρεκκλησίου.